แปซิฟิกบูย' อาคารใต้ทะเลที่สร้างขึ้นในอ่าวของเกาะฮะจิโจของโตเกียวเพื่อเชื่อมต่อกล้องวงจรปิดของตำรวจทั่วโลก วิศวกรจากประเทศต่างๆ มารวมตัวกันที่นั่นด้วยจุดประสงค์ในการเชื่อมต่อเน็ตเวิร์กในความควบคุมของยูโรโพล(องค์กรตำรวจของยุโรป)เพื่อใช้งานจริง และที่นั่นยังดำเนินการทดสอบ 'เทคโนโลยีใหม่' ซึ่งจะนำไปประยุกต์ใช้ในระบบยืนยันใบหน้าอีกด้วย อีกด้านหนึ่ง แก๊งนักสืบเยาวชนได้รับคำเชิญจากโซโนโกะให้มาดูปลาวาฬที่เกาะฮะจิโจ โคนันได้รับโทรศัพท์จากโอกิยะ ซุบารุ (อากาอิ ชูอิจิ) ว่ามีเจ้าหน้าที่ยูโรโพลถูกจินฆ่าตายที่เยอรมนี โคนันรู้สึกสังหรณ์ใจไม่ดีจึงลอบขึ้นเรือลาดตระเวนที่คุโรดะ เฮียวเอย์ และผู้เกี่ยวข้องกับกรมตำรวจโดยสารอยู่มุ่งหน้าไปยังหน่วยรักษาความปลอดภัย 'แปซิฟิกบูย' แล้วลอบเข้าไปในตัวอาคาร และแล้วก็เกิดคดีวิศวกรสาวคนหนึ่งถูกองค์กรชายชุดดำลักพาตัวในอาคารที่กำลังเตรียมการใช้งานระบบจริง! ยิ่งไปกว่านั้น USB ของเธอซึ่งบันทึกข้อมูลบางอย่างยังตกอยู่ในเงื้อมมือขององค์กร... เสียงใบพัดเรือที่ดังชวนขนลุกในท้องทะเล และแล้ว เงามืดก็แอบเข้ามาหาไฮบาระที่พักแรมอยู่ที่เกาะฮะจิโจ? เมื่อกล่องดำที่ไม่ควรแตะต้องเปิดออก อดีตที่ถูกผนึกไว้ก็ลอยขึ้นมาบนผิวน้ำ