หลังจากเอ็ดดี้ได้กลับมายังจักรวาลของตน เขาก็พบว่าตัวเองยังคงต้องหนีการตามล่าจากตำรวจ อันเนื่องมาจากความเข้าใจผิดในเหตุการณ์ก่อนหน้า ทว่าระหว่างที่เอ็ดดี้กำลังเดินทางไปยังนิวยอร์กเพื่อพิสูจน์ความบริสุทธิ์นั้น กลับมีหน่วยรบพิเศษที่มาตามล่าตัวเขา ซ้ำร้ายยังเจอกับเอเลี่ยนที่ฆ่าไม่ตาย เมื่อเอ็ดดี้และเวน่อมเข้าตาจนและตกที่นั่งลำบาก นอกจากถูกตามล่าจากกองทัพทหารแล้ว ยังถูกตามปลิดหัวจากบรรดาปรสิตซิมไบโอตต่างดาวตัวฉกาจ ทั้งสองต้องผ่านการสู้รบครั้งยิ่งใหญ่และการตัดสินใจครั้งสำคัญ ซึ่งจะนำไปสู่การปิดม่านการต่อสู้ร่วมกันอันยาวนานของเอ็ดดี้และเวน่อม