หลังจากที่เกิดมหาภัยพิบัติโลก "Second Impact" ได้เกิดขึ้น และทิ้งความเสียหายให้กับโลกใบนี้ไว้มากมาย ? หน่วยงานลับ NERV ที่เป็นหน่วยงานที่กุมชตากรรมของโลกไว้ ได้สร้าง เมืองโตเกียวใหม่ที่ 3 มาเพื่อบป้องกันการบุกโจมตีของเทวทูตองค์ที่ 4 อิคาริ ชินจิ เด็กหนุ่มวัย 14 ปี ได้ถูกบังคับให้ขับหุ่น EVA-01 แล้วได้เข้าต่อสู้กับเทวทูตในสำนักงานใหญ่ของ NERV ชินจิที่ขับ EVA-01 ก็สามารถขับไล่เทวทูตตนนั้นออกไปได้ และยังได้สู้ในอีกหลายศึกเช่น การร่วมมือกับ อายานามิ เรย์ นักบิน EVA-00 ในการต่อสู้กับเทวทูตตนที่ 6 ในขณะที่ EVA-01 ได้รับความเสียหายหนัก หรือจะเป็นในตอนที่คัตสึรางิ มิซาโตะ ได้ใช้กระแสไฟฟ้าทั้งเมืองชาร์จปืนใหญ่โพซิตรอนของ EVA-01 เพื่อทำลายเทวทูตใน Operation Yashima แล้วชะตากรรมของมนุษยชาติจะเป็นอย่างไรต่อไปกัน….