มาริ อิลลัสเทรียส มากินามิได้ขับ หุ่นรุ่นชั่วคราว EVA-05 เข้าจัดการกับเทวทูตตนที่สาม ใน Bethany Base ฐานทัพของ NERV ในขั่วโลกเหนือ ในขณะเดียวกันที่ญี่ปุ่น ชิกิงามิ อาสึกะ แลงเลย์ ก็ได้ใช้ EVA-02 จัดการกับ เทวทูตตนที่ 7 ลงได้ หลังจากนั้นเทวทูตตนที่ 8 ได้เข้ามาโจมตีดาวเทียม และสำนักงานใหญ่ของ NERV ต้องใช้ Evagelion ถึง 3 เครื่องร่วมมือกันเพื่อตั้งรับกับเทวทูตตนนี้ และอาสึกะที่ปกติชอบฉายเดี่ยวก็เริ่มได้เห็นความสำคัญของการมีเพื่อนมากขึ้น แต่ทว่า EVA-03 ที่อยู่ในขั้นทดลองก็ได้โดนเทวทูตตนที่ 9 แย่งควบคุมไป ชินจิก็ไม่กล้าเข้าไปสกัดโจมตี เพราะในนั่นมีอาสึกะกำลังขับอยู่ เก็นโด ก็ได้เปิด Dummy System ของ EVA-01 และได้เริ่มเข้าโจมตี EVA-03 ในที่สุด…