หลังจากการตายด้วยการฆ่าตัวตายของอัจฉริยะหนุ่ม ฮิโรกิ ผู้สร้างปัญญาประดิษฐ์ ?โนอาห์ อาร์ค? ที่สามารถพัฒนาได้เทียบเท่ามนุษย์ 5 ปีในเวลาเพียง 1 ปี ผ่านมาแล้ว 2 ปี
ที่ศาลากลางเมืองเบกะ มีการจัดงานเปิดตัวเกมเสมือนจริง ?โคคูน? แต่ในระหว่างงานกลับเกิดคดีฆาตกรรมขึ้น โคนันจึงเข้าไปในโคคูนเพื่อหาหลักฐานไขคดี
ทว่า ระบบกลับถูกโนอาห์อาร์คเข้าควบคุม เด็ก ๆ ทั้งหลายถูกจับเป็นตัวประกัน! เงื่อนไขการปล่อยตัวคือการเคลียร์เกมให้ได้ โคนันจึงต้องเข้าสู่ด่านลอนดอนปลายศตวรรษที่ 19 เพื่อตามล่าฆาตกรต่อเนื่อง?