ก่อนวันเกิดของชินอิจิหนึ่งวัน เกิดเหตุการณ์สุดระทึก เมื่อดินระเบิดจำนวนมหาศาลถูกขโมยไป! คฤหาสน์คุโรกาวะ ที่เพิ่งคลี่คลายคดีฆาตกรรมได้ไม่นาน กลับถูกวางเพลิงปริศนา! ท่ามกลางความโกลาหล โคนันได้รับโทรศัพท์จากชายลึกลับที่อ้างตัวว่าเป็นคนร้ายพร้อมการขู่วางระเบิดครั้งใหญ่! เป้าหมายคือสวนสาธารณะที่มีเด็ก ๆ กำลังรวมตัวกัน โคนันพุ่งตรงไปยังที่เกิดเหตุ และเสี่ยงชีวิตช่วยเหลือเด็ก ๆ ให้รอดพ้นจากอันตราย แต่แล้ว ข้อความขู่วางระเบิดครั้งใหม่ก็มาถึง!! ใครกันคือผู้อยู่เบื้องหลัง? เขามีความแค้นกับคุโด ชินอิจิ หรือไม่!? มหานครกำลังเข้าสู่ความตื่นตระหนก? และเวลาที่เหลืออยู่ก็นับถอยหลังอย่างรวดเร็ว! ปริศนาครั้งใหม่กำลังจะเริ่มต้น?!!