มีสายโทรศัพท์ แจ้งเตือนระเบิด โทรเข้ามาที่ สำนักงานนักสืบโมริ โคโกโร่สงสัยว่าอาจเป็นแค่ การล้อเล่น แต่ไม่นานหลังจากนั้น รถที่จอดอยู่หน้าสำนักงานระเบิดขึ้นทันที คนร้ายทิ้ง รหัสปริศนา พร้อมข่มขู่ว่า ?ถ้าไม่เจอระเบิด จะมีผู้เสียชีวิตเพิ่มอีก!? ในขณะเดียวกันโคนันกำลังชมการแข่งขัน ฟุตบอล J-League ที่ โตโตสเตเดียม เขาได้รับโทรศัพท์จากรันเล่าถึงการแจ้งเตือนระเบิด โคนันจึงเริ่มถอดรหัสปริศนา ท่ามกลางเวลาที่ใกล้หมดลง โคนันจะสามารถค้นพบระเบิดได้ทันเวลาไหม!? และความจริงเกี่ยวกับ จุดประสงค์ที่แท้จริงของคนร้ายคืออะไร?