โคนันและเพื่อน ๆ เข้าร่วม ทริปทดลองเดินเรือบนเรือพิฆาตป้องกันภัยอีจิส ?โฮตากะ? ของ กองกำลังป้องกันตนเองทางทะเล ที่ นอกชายฝั่งเกียวโต ไมซึรุ เด็ก ๆ ตื่นเต้นกับการฝึกซ้อมสุดตระการตาบนเรือเทคโนโลยีสูง แต่ก่อนการฝึกจะจบลง มีวัตถุประหลาดเข้ามาใกล้ตัวเรือ บรรยากาศบนเรือเริ่มเต็มไปด้วยความตึงเครียด เมื่อได้ยินวลี "สปาย X" โคนันเริ่มสืบหาภายในเรือ และพบสถานที่ที่มีเพียงแขนซ้ายของเจ้าหน้าที่กองทัพ เมื่อขอความร่วมมือจาก เฮย์จิ ฮัตโตริ เรื่องราวยิ่งซับซ้อนขึ้น เมื่อต่อมาพบศพที่ขาดแขนซ้ายที่โรงต่อเรือในอ่าววากาซะ