ระหว่างพิธีเปิดตัวเบลล์ทรีทาวเวอร์ สูง 635 เมตร ที่มองเห็นวิวกรุงโตเกียวทั้งหมด มีชายผู้เข้าชมคนหนึ่งบนชั้นชมวิวถูกยิงจากภายนอกล้มลง โคนันซึ่งอยู่ในเหตุการณ์สามารถคำนวณ จุดที่คนร้ายยิงปืน จากวิถีกระสุนได้ แต่ระยะทางกลับเกินขอบเขตที่เป็นไปได้ของปืนสไนเปอร์ โคนันร่วมกับ เซระ มาสึมิ นักสืบสาวนักเรียนมัธยม ไล่ตามสไนเปอร์ แต่พลาดไปเพียงก้าวเดียว ต่อมาทาง FBI และสำนักงานตำรวจนครโตเกียว เริ่มการสืบสวนร่วมกัน และพบเบาะแสสำคัญเกี่ยวกับ หน่วยรบพิเศษของกองทัพเรือ Navy SEALs