มีคนร้าย บุกเข้าห้องเซิร์ฟเวอร์ของสำนักงานตำรวจแห่งชาติ และ ขโมยข้อมูลลับสำคัญหลบหนีไป อามุโระ และ อากาอิ ไล่ตามคนร้ายผ่าน การไล่ล่ารถสุดระทึก แต่สุดท้ายก็ พลาดไม่สามารถจับได้ วันถัดมาโคนันและชมรมนักสืบเยาวชน ไปเยี่ยม พิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำโตโต และพบกับหญิงที่มีดวงตาสองสีและความทรงจำสูญหาย ขณะที่โคนันพยายามสืบหาตัวตนที่แท้จริงของหญิงสาว ชมรมนักสืบเยาวชนกลับพาหญิงสาวขึ้น ชิงช้าสวรรค์ แต่หญิงคนนั้นเกิด ชักเกร็งขึ้นอย่างกะทันหัน และ พูดคำศัพท์ปริศนาออกมา ก่อนล้มลง "น็อก คือ เบอเบิร์น, คีล, สเตาท์?" คำพูดเหล่านี้ หมายความว่าอะไร!?