เกิดเหตุระเบิดครั้งใหญ่ขึ้นที่รีสอร์ต "Edge of Ocean" ซึ่งถูกกำหนดให้เป็นสถานที่จัดการประชุมสุดยอดโตเกียว (Tokyo Summit) ในรายงานข่าวที่ระบุว่ามีเจ้าหน้าที่ตำรวจซึ่งปฏิบัติหน้าที่รักษาความปลอดภัยได้รับบาดเจ็บและเสียชีวิตนั้น โคนันได้เห็นภาพของอามุโร่ โทรุอยู่ในเหตุการณ์ด้วย ในขณะเดียวกัน ที่การประชุมสืบสวนของกรมตำรวจโตเกียว ได้มีการพบลายนิ้วมือของโคโกโร่อยู่บนหลักฐานในที่เกิดเหตุ ทำให้โคโกโร่ถูกจับกุมในฐานะผู้ต้องสงสัยทันที โคนันเริ่มสงสัยว่ากรมความมั่นคงอาจเป็นผู้ปั้นหลักฐานขึ้นมา เขาจึงไปเผชิญหน้ากับอามุโร่โดยตรง แต่กลับได้รับท่าทีเย็นชาจากอีกฝ่าย?อามุโร่ โทรุ เป็นศัตรูหรือมิตร? และความจริงที่ซ่อนอยู่เบื้องหลังคดีระเบิดครั้งนี้คืออะไรกันแน่?