ก่อนการแข่งขันกีฬาที่ยิ่งใหญ่ที่สุดในโลก "WSG -World Sports Games-" ที่กำลังจะจัดขึ้นที่โตเกียว พร้อมกับการประกาศเปิดใช้งานรถไฟลอยตัวแม่เหล็กพลังงานสูญญากาศอย่างเป็นทางการ ได้เกิดเหตุลักพาตัวประธานบริษัทรายใหญ่ขึ้นในงานเลี้ยงของเหล่าสปอนเซอร์ผู้สนับสนุนการแข่งขันครั้งนี้ เบื้องหลังเหตุการณ์นั้น ปรากฏเงาของอากาอิ ชูอิจิ และเจ้าหน้าที่ FBI อยู่ด้วย ไม่นานนักการสืบสวนของโคนันทำให้ความเชื่อมโยงกับเหตุการณ์ลักพาตัวต่อเนื่องในงาน WSG เมื่อ 15 ปีก่อนเริ่มชัดเจนขึ้น...ท่ามกลางผู้คนจากทั่วโลกที่หลั่งไหลมารวมตัวกันในญี่ปุ่น คราวนี้จะมีเรื่องราวอันตรายอะไรเกิดขึ้นอีกกันแน่?