มันคือช่วงหนึ่งร้อยวันก่อนหน้าที่คุโด้ ชินอิจิจะกลายร่างเป็นเอโดงาว่า โคนัน ด้วยยาพิษ “อาโปท็อกซิน 4869” ซึ่งชายชุดดำเป็นผู้จับกรอกใส่ปากของชินอิจิ

ยอดนักสืบ ม.ปลายได้มาถึงเมืองจูโกยะพร้อมกับโมริ รัน, โมริ โคโกโร่, คิซากิ เอริ และสุซุกิ โซโนโกะ ในเมืองแห่งนี้มีตำนานเรื่องนกโมซุยักษ์ที่ได้ออกมาจู่โจมคนในหมู่บ้านและฆ่าชาวบ้านตาย พวกชาวบ้านจึงเตรียมจัดงานเทศกาลเพื่อให้วิญญาณของนกยักษ์สงบลง

ขณะที่พวกชินอิจิกำลังเดินเที่ยววิหารนกยักษ์ โดยคนที่พาไปดูคือวากุระซึ่งเป็นเพื่อนของพ่อแม่โซโนโกะ ความตายอันน่าพรั่นพรึงที่พัวพันถึงตำนานนกยักษ์ก็เกิดขึ้น เริ่มต้นด้วยโคซากะ ผู้ช่วยของวากุระ ก่อนจะตามด้วยคนในครอบครัวของวากุระเอง

การตายที่ผู้เสียชีวิตมีลักษณะเหมือนถูกนกโฉบแล้วปล่อยลงมาเสียบกับกิ่งไม้แบบนี้ มันใช่การฆาตกรรมแน่หรือ? มันมีทริคอะไรกันแน่? หรือว่านี่จะเป็นฝีมือของนกยักษ์จริงๆ? แล้วเบื้องหลังของเรื่องราวทั้งหมดนั่นก็คือ...!?

หลัง Conan Zero และ Confrontation with Men in Black “ยอดนักสืบจิ๋ว โคนัน ภาคคนแสดง” ก็ได้มาถึงลำดับที่ 3 แล้ว โดยเรื่องราวคราวนี้ได้นำพาคนดูไปสู่เหตุระทึกขวัญในหมู่บ้านชนบทซึ่งอยู่ในซอกหลืบของหุบเขา บวกด้วยตำนานวิหคยักษ์ที่ถูกเล่าขาน บรรยากาศอันน่าขนลุกจึงอาบไปทั่วทั้งตลอดเรื่อง ปริศนาการตายที่ดูเหนือธรรมชาติได้ทำให้ The Mystery of the Legendary Monster Bird หรือ “ชินอิจิปะทะปริศนาวิหคมรณะ” เต็มไปด้วยอันตรายที่เคลือบแฝงอยู่ทั่วทุกมุมมืดของหมู่บ้าน

แต่คนที่จะกระชากเงามืดของปริศนาวิหคมรณะในครั้งนี้ ก็คือคุโด้ ชินอิจิผู้นี้นี่เอง!